农业工程学院现有6个专业，分别为畜牧兽医、智能化养殖、宠物医疗技术、园林技术、园艺技术、茶叶生产技术，分别隶属于畜牧兽医教研室、宠物科技教研室、园林教研室和种植教研室。学院共有教职员工40人（其中实验实训教师5人）。其中，博士3人，研究生14人，高级职称教师13人。

农业工程学院建设有广东省博士工作站、梅州市石斛产业化工程技术研究中心和梅州市中兽药工程技术研究中心，博士工作室项目4项，现有实训基地占地40亩，涵盖现代农艺、园林、园艺、畜牧兽医等专业，现有专业实验实训设备总值2000多万元，现有专业实验实训场所70多间，建筑面积10000多㎡，现已成为融教学实训、科技研发、成果转化、科普教育为一体的综合性平台。

学院发展方向：按照学校规划，农业工程学院定位立足梅州农业大市，服务粤港澳大湾区，辐射闽赣，打造一流特色品牌农业系（院），为服务梅州革命老区高质量发展，大力实施乡村振兴战略，不断做大做强实体经济提供强有力的人才、科技支持和保障。

紧紧围绕梅州特色现代农业、大健康产业，有序开设新专业，锻造一批高水平专业集群，建立现代养殖、梅州金柚、嘉应茶等产业学院，充分发挥省市级工程技术研究中心、博士工作室优质资源优势，建设高水平品牌专业和专业群，大力发展全日制高等职业教育,积极开展职业技能培训与鉴定，多形式、多渠道拓展继续教育。按照学校未来三年“粤东北一流、广东省知名”的现代化高职院校的发展目标，坚持“教学+科研”双轮驱动，不断提高科技创新创业能力；加强产教研融合、政校企合作，共建共享开放性、普惠性智慧农业实训基地、产学研合作创新平台、现代化宠物诊疗服务中心、新时代农业人才培养培训基地、学生实习实践基地、大学生“双创”基地、“双师型”教师培养基地，成为特色鲜明的粤东高校农业学科龙头、梅州特色现代农业、大健康产业研发基地、技术孵化和推广平台。